Eles não são plantas, nem animais. São diferentes das outras formas de vida tais como micro-organismos e fungos. Ao invés disso, seus corpos parecem bem primitivos e geralmente são conhecidos como Mushi. Sua existência e aparição são praticamente desconhecidos e apenas um número limitado de humano sabe sobre eles. Ginko é um desses poucos selecionados, um Mushishi, viaja pelo mundo para investigar os Mushi. No processo, ele também ajuda pessoas que enfrentam problemas com ocorrências sobrenaturais que podem estar ligadas a Mushi.
Cinco amigos de infância se distanciam após a morte de Meiko Honma, amiga íntima de todos eles. Jinta Yadomi, líder do grupo quando eram crianças, negligencia o ensino médio e vive recluso até que ele inesperadamente começa a ver o fantasma de Meiko, que só pode interagir com ele e com mais ninguém. Ela voltou para pedir a Jinta para cumprir o desejo esquecido que ela fez quando criança.
A adolescente Saya Otonashi leva uma vida normal com seu pai, George Miyagusuku, um militar aposentado da guerra do Vietnã, e seus irmãos adotivos Kai e Riku, em Okinawa, no Japão. Porém sua memória a limita a apenas ao ano anterior de sua vida. Misteriosos acontecimentos como o aparecimento dos Chiropteras, vão cada vez mais envolvendo Saya numa trama que pode lhe revelar o seu passado secreto.
A história se passa nos EUA entre 1928 e 1929. O grande desenvolvimento econômico faz com que a ganância domine cada vez mais os seres humanos e este se torna um ambiente ideal para os demônios fazerem suas maldades, pois enquanto fingem ajudar os humanos eles se utilizam destes para os seus próprios objetivos. Para enfrentar tamanho mal a igreja católica criou a "Magdalene Order" cujos membros (padres, freiras e etc) tem a função de exorcizar e destruir estes monstros.
A história começa numa cidade futurista chamada Romdo, construída para a proteção dos cidadãos após o apocalipse ambiental global. Nesta utopia, humanos e androides coexistem uns com os outros, num ambiente de total controle. Uma série de assassinatos cometidos por robôs descontrolados infectados por um vírus chamado Cogito começa a estragar a delicada ordem social. Por trás dos panos, o governo vem conduzindo experimentos secretos com uma misteriosa forma de vida humanoide chamada Proxy, a qual supostamente teria a chave para a sobrevivência da humanidade.
Uma pequena plantinha brota do chão de uma casa velha utilizada por anjos. De dentro desta planta surge uma garota, que eles chamam de Rakka, porque ela sonhou que estava caindo quando estava dentro da planta que a abrigava. Depois nascem pequenas asas nela e os outros anjos a presenteiam com uma auréola. A partir daí, Rakka vai se descobrindo em um mundo diferente, com aqueles anjos. Vê-se em uma cidade cercada por um muro muito alto, que os isolam do mundo exterior. Quem afinal são os Haibane? Porque eles não podem deixar a cidade? Porque humanos convivem com eles? O que são os misteriosos encapuçados aos quais eles não podem dirigir a palavra? São coisas que vamos descobrindo junto com Rakka e sua singela história.
Rintaro é um auto-proclamado cientista louco que acredita que uma organização internacional está conspirando para remodelar o mundo de acordo com seus próprios interesses. Ele e seu amigo Itaru inadvertidamente criam um dispositivo capaz de enviar mensagens para o passado. A descoberta e experimentação deste instrumento torna-se o catalisador de alterações fundamentais para o presente. Alheio das consequências de suas ações, Rintaro e seus amigos acabam criando modificações de proporções graves. Agora ele deve tentar encontrar uma maneira de voltar a linha do tempo para o mais próximo possível do original, para salvar os preciosos membros do laboratório.
A história começa por Yato, um Deus menor cujo sonho é ter milhões de seguidores. Infelizmente, seu sonho está longe de se tornar realidade, visto que sequer tem um santuário dedicado ao seu nome e se encontra sem nenhum Instrumento Divino, depois que seu último se demitiu, após 3 meses de parceria. Neste cenário, Yato se depara com Hiyori, uma garota que secretamente é fã de artes marciais. Em seu primeiro encontro com ela, Yato é salvo quando Hiyori o impede de ser atropelado por um ônibus, mas ela é atingida em seu lugar. A partir desse momento, Hiyori se encontra entre dois mundos. O que acontecerá?
Hatori Chise tem apenas 16 anos, mas perdeu muito mais do que a maioria. Sem família nem esperança, parece que todas as portas estão fechadas para ela. Mas, um encontro casual começou a mover as rodas enferrujadas do destino. Em sua hora mais escura, um misterioso mago aparece diante de Chitose, oferecendo uma chance que ela não poderia recusar. Este mago que parece mais um demônio do que um humano, vai lhe trazer a luz que ela procura desesperadamente, ou afogá-la em sombras cada vez mais profundas?
Diclonius, a nova evolução humana... mutantes, ditos, escolhidos por Deus para serem os aniquiladores da humanidade. Possuem dois chifres em suas cabeças e uma estranha habilidade similar a telecinese sob forma de braços. Extremamente perigosos e cientes de sua "missão", foram subjugados pelo governo que os mantém confinados em laboratórios. Lucy é uma Diclonios cuja jovem e bela aparência escondem uma personalidade psicótica e ela, após matar dezenas de guardas, escapa de seu confinamento, porém é alvejada por um tiro na cabeça e cai no mar... Ela é encontrada por Kouta e Yuka na praia, mas com uma personalidade totalmente diferente, infantil e inocente, sem memórias e a única coisa que fala é nyuu. Os dois levam-na para casa e decidem cuidar dela, batizando-a de Nyuu. Entretanto, parece que a Lucy ainda não está morta e nem se esqueceu de seu passado.
Certo dia, Takamiya Naho recebe uma carta escrita por ela mesma dez anos no futuro. A carta narra exatamente os eventos daquele dia, incluindo a transferência de um novo aluno para a turma dela chamado Naruse Kakeru. A Naho do futuro diz repetidamente que ela tem vários arrependimentos e quer consertar eles garantindo que Naho do passado tome as decisões certas, especialmente sobre Kakeru. O mais chocante é que ela descobre que daqui dez anos Kakeru não estará mais entre eles. A Naho do futuro pede que ela cuide dele com atenção.
A 26 anos atrás, em uma classe do terceiro colegial, uma estudante chamada Misaki, era a mais popular e adorada do colégio, por causa de sua beleza e sua qualidade nos esportes. Porém, um dia, Misaki acaba por vir a falecer e como homenagem, seus amigos decidem “fingir” que ela está viva com eles até o dia da formatura. Anos depois, em uma primavera de 1998, um garoto chamado Sakakibara Kouichi, se muda para a cidade e começa a estudar na mesma escola do ocorrido. Lá ele encontra todos os alunos rodeados por uma estranha atmosfera, principalmente uma bela estudante chamada Mei Misaki. O que Kouichi não esperava é que a Misaki, de sua sala, tivesse mais relações do que o esperado com a história do passado do colégio.
