Yona é a única princesa do reino, vivendo a vida luxuosa e despreocupada como uma princesa deve ter. Ela tem tudo: as melhores roupas e cosméticos, os doces mais divinos, um imperador como pai amoroso, e tem uma queda pelo seu primo, Soo Won. Agora, se o guarda-costas dela, Son Hak, não fosse tão chato com ela e seu cabelo não fosse tão vermelho… Mas seu mundo quase perfeito rapidamente se destrói quando o homem que ela ama, Soo Won, mata seu pai e o seu caminho para sua ascensão ao trono é assegurado.
Kanojo 3D conta a história de Hikari Tsutsui, um garoto do ensino médio que está satisfeito com as meninas virtuais que ele encontra em animes e jogos. Ele não tem muitos amigos e vive em seu próprio mundo. Um dia, quando ele estava limpando a piscina da escola, ele é abordado pela Iroha, uma “garota real” que é bem vista e popular entre os garotos da escola.
Uma fujoshi que gosta de ficar shippando seus colegas de classe acaba ficando atraente, depois de perder peso graças a uma depressão causada pela morte de um personagem de anime que gostava. E agora tem vários garotos interessados nela, enquanto ela só sabe fantasiar cada um de seus pretendentes com o outro.
Na Academia Kamome, existem muitos rumores sobre os Sete Mistérios da escola, um dos quais é o Hanako-san. Acredita-se que ocupa a terceira porta do WC das mulheres do terceiro andar no prédio da antiga escola, Hanako-san concede qualquer desejo quando convocada. Nene Yashiro, uma estudante que adora o ocultismo e sonha com romance, aventura-se nesse WC assombrado… mas a Hanako-san que ela conhece não é nada como ela imaginou! Hanako-san, da Kamome Academy, é um menino!
Após ver seu pai fugir de casa por causa de dívidas de jogo e sendo expulsa do seu apartamento, Nanami conhece Mikage, um homem estranho que tem muito medo de cachorros. Nanami o salva de um cachorro e acaba contando sua história. Como agradecimento pelo salvamento ele oferece à garota uma estadia em sua casa, mas chegando lá ela acaba descobrindo que a casa na verdade é um templo! Agora ela acaba tendo que cuidar do templo, tendo um monte de responsabilidades que não entende, perigos que ela ainda não sabe e formando contrato que ela pode acabar se arrependendo – ou não – no futuro.
Na escola, Kuronuma Sawako é temida por todos por causa de seu olhar sombrio e assustador. Ela tem o apelido de “Sadako” e poucos ainda sabem seu verdadeiro nome. O que não sabem, é que por trás desse olhar assustador, há uma menina meiga, sempre querendo fazer amigos e tentando ser agradável. Kazehaya Shouta é a única pessoa que não discrimina Sawako e começa a entendê-la melhor. Ela o admira e aspira ser como ele: agradável e cheio de pessoas à sua volta. Com a ajuda de Kazehaya, Sawako parece ter uma chance de mudar.
O enorme sistema de cavernas, conhecido como Abyss, é o único lugar inexplorado no mundo. Ninguém sabe até que ponto este poço titânico está habitado por criaturas estranhas e maravilhosas e cheio de misteriosas relíquias antigas cujo propósito é desconhecido para o homem moderno. Gerações de aventureiros arrojados foram desenhadas pelas profundidades crípticas do abismo. Ao longo do tempo, esses corajosos o suficiente para explorar o poço perigoso vieram a ser conhecidos como Cave Raiders. Em Oosu, a cidade à beira do Abismo, vive uma pequena órfã chamada Rico, que sonha em se tornar uma grande raider como sua mãe e resolver o grande mistério do poço. Um dia explorando as profundidades sombrias que ela tropeça em um garotinho, que acaba por ser um robô.
Yuiga é um estudante que está buscando uma bolsa de estudos pois vem de uma família pobre. Sua escola lhe dá uma condição: ele pode ter uma recomendação para uma bolsa de estudos se ele instruir suas lindas colegas para ajudá-las a entrar nas escolas de sua escolha. Ogata pode ser um gênio da ciência e Furuhashi um prodígio da literatura – mas Ogata quer entrar em uma escola de artes e Furuhashi para uma escola de ciências. E ambas são ignorantes fora de seus campos de especialização.
Arima Kousei era um prodígio em se tratando de piano, dominou as competições infantis por anos e todos os músicos infantis conheciam seu nome. Mas com o falecimento da sua mãe, que também era sua instrutora, ele sofre um bloqueio mental no meio de um recital e nunca mais consegue ouvir o som do seu piano, mesmo com sua audição normal. Dois anos se passam e Kousei ainda não tocou em seu piano de novo e vive em um mundo sem cor e sem outros tons. Ele passa a aceitar sua condição e vive feliz com seus amigos, Tsubaki e Watari, até que um dia, uma garota muda tudo. Miyazono Kaori é uma linda violinista, e seu estilo reflete sua personalidade livre e animada. Ela ajuda Kousei a voltar ao mundo da música e mostra a ele que neste mundo ele pode ser livre e não seguir as regras, um jeito muito diferente da estrutura rígida e estilo regrado que Kousei estava acostumado.
Por algum motivo, a guitarra que ele amava tocar e o basquete que ele adorava jogar perderam a graça. Essa era a vida de Ritsuka Uenoyama até encontrar Mafuyu Sato. Ritsuka tinha começado a perder seu amor pela música, mas ao ouvir Mafuyu cantar pela primeira vez, a canção ressoou em seu coração e a distância entre os dois começou a encurtar.
O colégio Seika era uma academia para rapazes e recentemente se tornou um colégio misto, por isso cerca de 80% de seus alunos ainda são do sexo masculino. Ainda por cima, era conhecido por seus alunos selvagens e sem a menor disciplina, sendo um ambiente bem impróprio para as meninas, que vivem assustadas devido às brincadeiras exageradas dos garotos e a falta de modos deles. Visando proteger as garotas e fazer com que esse lugar tenha padrões aceitáveis de comportamento e disciplina, Misaki Ayuzawa se torna a primeira presidente mulher do conselho estudantil do colégio. Logo ela se torna uma tirana para os garotos, sendo conhecida como “Presidente Demoníaca”, fazendo com que muitos deles a temam ou a odeiem. Por outro lado, é muito adorada pelas outras meninas e pelos professores. Mas, devido a problemas financeiros, é obrigada a trabalhar em meio período em um Maid Café, um café onde as garçonetes se vestem de empregadas e tratam seus clientes como seus mestres/patrões. Isso certamente arruinaria sua imagem como presidente rigorosa e séria, então ela tenta esconder isso a todo custo. Porém, seu segredo é ameaçado quando Takumi Usui, o garoto mais popular do colégio, descobre sobre sua vida dupla.
Kana Kojima é uma professora do ensino médio conhecida por seu carácter demoníaco. No entanto, ela demonstra ser uma pessoa totalmente diferente quando se encontra com um de seus alunos, Ichirou Satou. Ela parece ser tonta e desajeitada e ele se encontra em muitas situações eróticas com sua professora, seja no banheiro, na piscina, na escola ou em outros lugares. O anime focará em 4 casais diferentes, cada um formado por um aluno(a) e um professor(a).
