O que reúne grandes amigos? Para Daphne, Velma, Fred, Salsicha e o cãozinho Scooby-Doo, é um mistério! Literalmente! Este longa-metragem leva os fãs de volta no tempo, para quando nossos quatro heróis eram adolescentes novatos no assunto – sempre acompanhados por um cão detetive – e tiveram seu primeiro encontro profissional. Injustamente acusados de encenar uma piada sobre fantasmas, os garotos são suspensos do colégio. Para limparem seus nomes, eles se unem para resolverem um mistério sobrenatural... E se envolvem em uma aventura repleta de bom humor.
Após se reencontrarem e reativarem a Mistérios S.A., Fred, Daphne, Salsicha, Velma e Scooby-Doo partem rumo a Coolsville para desvendar mais um mistério. Lá está um homem mascarado, que planeja usar uma máquina criadora de monstros para controlar o lugar. Em meio às investigações, eles conhecem Patrick Wisely, o curador do museu local, e ainda Heather Jasper-Howe, uma repórter que se apaixona por Fred e tem como missão descreditar as investigações do grupo.
Com 12 anos de idade, Finn combate o mal na terra de Ooo na companhia de seu cachorro mágico, Jake. Quando estes dois grandes amigos se juntam e dizem as palavras mágicas "Hora de Aventura", tudo pode acontecer.
