Eles não são plantas, nem animais. São diferentes das outras formas de vida tais como micro-organismos e fungos. Ao invés disso, seus corpos parecem bem primitivos e geralmente são conhecidos como Mushi. Sua existência e aparição são praticamente desconhecidos e apenas um número limitado de humano sabe sobre eles. Ginko é um desses poucos selecionados, um Mushishi, viaja pelo mundo para investigar os Mushi. No processo, ele também ajuda pessoas que enfrentam problemas com ocorrências sobrenaturais que podem estar ligadas a Mushi.
Em um instante, todos os humanos do mundo viraram pedra. Este acontecimento misterioso envolveu o estudante Taiju, depois de milhares de anos, ele e o seu amigo Senku despertam e decidem reconstruir a civilização do zero! E assim começa uma grande e única aventura de sobrevivência num mundo de ficção científica!
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