A história de Hotarubi no Mori e se foca em uma pequena garota chamada Hotaru. Ela se perde em uma floresta que popularmente é dita como uma floresta em que se reside vários espirítos. Na floresta Hotaru se depara com um jovem utilizando uma máscara de raposa. Ele se diz um espiríto com uma maldição que no momento que um humano tocá-lo ele irá desaparecer.”
Eles não são plantas, nem animais. São diferentes das outras formas de vida tais como micro-organismos e fungos. Ao invés disso, seus corpos parecem bem primitivos e geralmente são conhecidos como Mushi. Sua existência e aparição são praticamente desconhecidos e apenas um número limitado de humano sabe sobre eles. Ginko é um desses poucos selecionados, um Mushishi, viaja pelo mundo para investigar os Mushi. No processo, ele também ajuda pessoas que enfrentam problemas com ocorrências sobrenaturais que podem estar ligadas a Mushi.
Natsume, é uma criança como outra qualquer, exceto que pode ver espíritos, assim como sua avó Reiko. Mas, Reiko, costaumava maltratar os espíritos, e os aprisionando de acordo com sua vontade no Livro dos amigos. Agora que Natsume, herdou o livro, uma horda sem fim de espíritos virá atrás dele. Com a ajuda do espírito gato, Natsume, passa seus dias anulando os contratos que aprisionam os espíritos e tentando não ser morto.
A história de Hotarubi no Mori e se foca em uma pequena garota chamada Hotaru. Ela se perde em uma floresta que popularmente é dita como uma floresta em que se reside vários espirítos. Na floresta Hotaru se depara com um jovem utilizando uma máscara de raposa. Ele se diz um espiríto com uma maldição que no momento que um humano tocá-lo ele irá desaparecer.”
