Isabella Swan é uma adolescente que vai morar com seu pai em uma nova cidade depois que sua mãe decide casar-se novamente. No colégio, ela fica fascinada por Edward Cullen, um garoto que esconde um segredo obscuro. Eles se apaixonam, mas Edward sabe que quanto mais avançam no relacionamento, mais ele está colocando Bella e aqueles à sua volta em perigo.
Kyousuke Kosaka, um estudante normal de 17 anos não se dá bem sua irmã mais nova, Kirino. Desde que se lembra, sua irmã sempre o ignorou e parecia que a relação deles ia continuar assim para sempre. Um dia, Kyousuke encontra na entrada da casa um DVD de um anime chamado Hoshikuzu Witch Meruru. Para a sua surpresa o que há dentro é nada mais que um eroge chamado Imouto to Koishiyo. Ele então decide tentar descobrir quem seria o dono do tal DVD. Na mesma noite, Kirino invade o quarto de Kyousuke e começa a primeira conversa decente que eles devem ter tido por anos. Ela o leva para seu quarto e admite que gosta de personagens moe~, ou melhor, ela gosta principalmente de personagens do tipo imouto. E assim, a vida normal de Kyousuke começa a desmoronar quando Kirino começa a pedir conselhos de vida a ele.
Quatro amigas se unem contra um inimigo anônimo que ameaça revelar seus segredos mais obscuros, enquanto também investigam o desaparecimento de sua melhor amiga.
Hatori Chise tem apenas 16 anos, mas perdeu muito mais do que a maioria. Sem família nem esperança, parece que todas as portas estão fechadas para ela. Mas, um encontro casual começou a mover as rodas enferrujadas do destino. Em sua hora mais escura, um misterioso mago aparece diante de Chitose, oferecendo uma chance que ela não poderia recusar. Este mago que parece mais um demônio do que um humano, vai lhe trazer a luz que ela procura desesperadamente, ou afogá-la em sombras cada vez mais profundas?