A história começa por Yato, um Deus menor cujo sonho é ter milhões de seguidores. Infelizmente, seu sonho está longe de se tornar realidade, visto que sequer tem um santuário dedicado ao seu nome e se encontra sem nenhum Instrumento Divino, depois que seu último se demitiu, após 3 meses de parceria. Neste cenário, Yato se depara com Hiyori, uma garota que secretamente é fã de artes marciais. Em seu primeiro encontro com ela, Yato é salvo quando Hiyori o impede de ser atropelado por um ônibus, mas ela é atingida em seu lugar. A partir desse momento, Hiyori se encontra entre dois mundos. O que acontecerá?
Entre o passado e o presente, uma família dividida confronta memórias assustadoras do antigo lar e dos eventos aterrorizantes que os expulsaram de lá.
Depois que seu reino é dominado por tiranos, uma princesa tenta encontrar um grupo de cavaleiros perigosos para ajudá-la a recuperar suas terras.
O Instituto de Pesquisa Psíquica Shibuya é um escritório dirigido por Naru e estuda casos paranormais. Seu trabalho é investigar, cientifica e minuciosamente, fenômenos psíquicos a pedido de clientes. Um dia, Mai, aluna do ensino médio, causa um acidente e Lin, assistente de Naru, se machuca. A partir daí, Mai começa a trabalhar no escritório como a nova assistente de Naru; apesar de não se entender nem um pouco com ele. Fantasmas, espíritos, maldições e exorcismos em massa… Nesse misto autêntico de horror e mistério, os membros do Instituto e seus mais novos ajudantes: a sacerdotisa Ayako, a médium Masako, o padre John Brown e o monge Houshou, irão resolver inúmeros casos incrivelmente bizarros com muita reza e bom humor.
A 26 anos atrás, em uma classe do terceiro colegial, uma estudante chamada Misaki, era a mais popular e adorada do colégio, por causa de sua beleza e sua qualidade nos esportes. Porém, um dia, Misaki acaba por vir a falecer e como homenagem, seus amigos decidem “fingir” que ela está viva com eles até o dia da formatura. Anos depois, em uma primavera de 1998, um garoto chamado Sakakibara Kouichi, se muda para a cidade e começa a estudar na mesma escola do ocorrido. Lá ele encontra todos os alunos rodeados por uma estranha atmosfera, principalmente uma bela estudante chamada Mei Misaki. O que Kouichi não esperava é que a Misaki, de sua sala, tivesse mais relações do que o esperado com a história do passado do colégio.
Uma garota que pode ver espíritos horríveis ao seu redor. Fora ela, ninguém mais pode vê-los. E em vez de fugir, ela simplesmente reúne toda sua coragem e os ignora. E assim, ela segue sua vida cotidiana, tentando sempre ignorar estes seres que insistem ficar perto dela…
