A Dungeon Secreta é um lugar lendário onde escondem-se raros tesouros e itens. Nor, o terceiro filho de um clã de nobres falidos que acaba de perder sua única oportunidade de emprego, ouve falar por acaso da dungeon. Ele logo adquire uma habilidade que lhe permite criar, editar e conferir habilidades... E para usá-la, ele precisa acumular pontos através de tarefas, como comer refeições deliciosas e realizando atividades sexuais com indivíduas sedutoras do sexo oposto.
A história acompanha Makoto Misumi, um jovem comum que é invocado em um mundo de fantasia para ser o grande herói que salvará as pessoas. Entretanto, quando a Deusa do lugar o vê, acaba o destituindo do título e o banindo para uma região deserta por achar o rosto do rapaz feio demais.
Kobayashi vivia sozinha em um apartamento, até que um dia, Tooru apareceu e elas acabaram vivendo juntas. Tooru, que é uma garota dragão, encara os seres humanos como inferiores e tolos, mas como foi salva por Kobayashi-san, ela faz tudo o que pode para pagar sua dívida e a ajuda com várias coisas, embora nem tudo saia de acordo com o planejado.
A Grande Jahy, braço-direito no comando no Reino das Trevas, é uma figura assustadora, temida e reverenciada por todos. Mas quando uma garota mágica destrói seu precioso cristal de mana, Jahy fica frágil e impotente, levando o Reino das Trevas à ruína e a jogando para o mundo humano! E logo Jahy descobrirá que planejar o renascimento do Reino das Trevas numa kitchenette caindo aos pedaços não é tarefa fácil, especialmente quando se tem que trabalhar pra pagar o aluguel!
