Cinco amigos de infância se distanciam após a morte de Meiko Honma, amiga íntima de todos eles. Jinta Yadomi, líder do grupo quando eram crianças, negligencia o ensino médio e vive recluso até que ele inesperadamente começa a ver o fantasma de Meiko, que só pode interagir com ele e com mais ninguém. Ela voltou para pedir a Jinta para cumprir o desejo esquecido que ela fez quando criança.
Makoto Kuwata, uma jovem avoada de 15 anos de idade é uma bruxa. Acompanhada por seu gato preto Chito, ela muda-se de Yokohama para viver com seu primo de segundo grau em Aomori, no verdejante norte do Japão.
Cinco amigos de infância se distanciam após a morte de Meiko Honma, amiga íntima de todos eles. Jinta Yadomi, líder do grupo quando eram crianças, negligencia o ensino médio e vive recluso até que ele inesperadamente começa a ver o fantasma de Meiko, que só pode interagir com ele e com mais ninguém. Ela voltou para pedir a Jinta para cumprir o desejo esquecido que ela fez quando criança.
Uma pequena plantinha brota do chão de uma casa velha utilizada por anjos. De dentro desta planta surge uma garota, que eles chamam de Rakka, porque ela sonhou que estava caindo quando estava dentro da planta que a abrigava. Depois nascem pequenas asas nela e os outros anjos a presenteiam com uma auréola. A partir daí, Rakka vai se descobrindo em um mundo diferente, com aqueles anjos. Vê-se em uma cidade cercada por um muro muito alto, que os isolam do mundo exterior. Quem afinal são os Haibane? Porque eles não podem deixar a cidade? Porque humanos convivem com eles? O que são os misteriosos encapuçados aos quais eles não podem dirigir a palavra? São coisas que vamos descobrindo junto com Rakka e sua singela história.