Quando uma chuva venenosa de Xistazul caiu do céu, a humanidade se refugiou no subterrâneo para fugir da tragédia mortal, conhecida como Lágrimas da Lua Nova. 100 anos depois, as pessoas voltaram à superfície para começar uma nova era. Com a ameaça constante dos Eliminadores, os humanos criaram assentamentos, chamados Ninhos, ao lado de IA humanoides, chamadas Magus. Já em 2242, o Kanata sonha em ser Nômade. Enquanto explora as ruínas de um museu com o renomado Nômade Tokio, ele encontra uma Magus chamada Noir, que perdeu todas as memórias. A Noir tem dificuldades em tarefas do dia a dia, mas brilha numa batalha contra os Eliminadores. O Kanata se junta à Noir enquanto descobre o que é preciso para ser Nômade.
O ano é 5012. Uma súbita invasão de aliens e seus Seres Vivos Mecânicos quase exterminam a humanidade por completo. Os poucos sobreviventes se refugiam na Lua, organizando um contra-ataque para retomar o planeta, mas chegam a um impasse por conta da capacidade infinita de multiplicação dos Seres Vivos Mecânicos. Para vencer o impasse, a humanidade cria a YoRHa, uma unidade de soldados androides. 2B, uma androide, é enviada para a Terra para se encontrar com 9S e analisar os misteriosos fenômenos que lá encontram.
Após a última Grande Guerra, o mundo é coberto por uma floresta negra habitada por demônios de fogo. Os sobreviventes da guerra, vivendo em pequenas áreas protegidas por barreiras, foram infectados por um patógeno que os faz entrar em combustão espontânea na presença de fogo comum. O único "fogo" seguro, a única fonte de luz e calor que podem usar, vem dos demônios capturados na floresta. E quando os caminhos de uma garota do campo e um jovem da capital se cruzam, um novo destino se abre para eles.
No rescaldo do Quarto Impacto, presos sem seus Evangelions, Shinji, Asuka e Rei procuram refúgio nos desolados restos vermelhos de Tokyo-3. Mas o perigo para o mundo está longe de acabar. Um novo impacto está surgindo no horizonte - aquele que provará ser o verdadeiro fim de Evangelion.
Após ser diagnosticado com uma doença terminal, Mizuhara Reito decide ser congelado para que no futuro seja despertado quando houver uma cura para a sua doença.
Anos depois, Reito é acordado por uma bela mulher inexpressiva, que o informa que todos os homens da Terra foram mortos por uma doença repentina, e que ele, como um dos poucos homens sobreviventes, deve agora engravidar o máximo de mulheres possíveis.
