Para acabar com uma guerra apocalíptica e salvar a filha, uma militar embarca em uma missão desesperada: atravessar o mar congelado levando uma carga ultrassecreta.
No rescaldo do Quarto Impacto, presos sem seus Evangelions, Shinji, Asuka e Rei procuram refúgio nos desolados restos vermelhos de Tokyo-3. Mas o perigo para o mundo está longe de acabar. Um novo impacto está surgindo no horizonte - aquele que provará ser o verdadeiro fim de Evangelion.
Após ser diagnosticado com uma doença terminal, Mizuhara Reito decide ser congelado para que no futuro seja despertado quando houver uma cura para a sua doença.
Anos depois, Reito é acordado por uma bela mulher inexpressiva, que o informa que todos os homens da Terra foram mortos por uma doença repentina, e que ele, como um dos poucos homens sobreviventes, deve agora engravidar o máximo de mulheres possíveis.