Quando uma chuva venenosa de Xistazul caiu do céu, a humanidade se refugiou no subterrâneo para fugir da tragédia mortal, conhecida como Lágrimas da Lua Nova. 100 anos depois, as pessoas voltaram à superfície para começar uma nova era. Com a ameaça constante dos Eliminadores, os humanos criaram assentamentos, chamados Ninhos, ao lado de IA humanoides, chamadas Magus. Já em 2242, o Kanata sonha em ser Nômade. Enquanto explora as ruínas de um museu com o renomado Nômade Tokio, ele encontra uma Magus chamada Noir, que perdeu todas as memórias. A Noir tem dificuldades em tarefas do dia a dia, mas brilha numa batalha contra os Eliminadores. O Kanata se junta à Noir enquanto descobre o que é preciso para ser Nômade.
Em 2024, o mundo entrou em colapso. Monstros grotescos se esgueiram em meio às ruínas do Japão, enquanto os sobrevivente juntam com dificuldade o que podem para sobreviver. Kiruko, uma faz-tudo de Nakano, aceita o pedido derradeiro de uma mulher misteriosa para levar um garoto chamado Maru ao Paraíso. Maru está convencido de que lá existe um garoto que é exatamente igual a ele.
Na terra da Terra, desastres naturais de causas desconhecidas vêm ocorrendo de forma irregular em muitas áreas. Portanto, a maioria das pessoas, para escapar desses desastres naturais, passou a viver em cidades móveis desenvolvidas ao longo dos anos. O Originium deixado para trás no local de tais Catástrofes, levou ao rápido progresso da civilização devido à sua imensa energia. Mas também trouxe algo mais – uma doença incurável chamada Oripatia. Como os corpos das pessoas com Oripatia gradualmente se cristalizam e se tornam uma nova fonte de infecção no momento da morte, em muitos países, os infectados estão sujeitos a perseguição sob regimes de segregação e trabalho forçado. Aqueles que foram oprimidos pelos governos estão começando a se rebelar. Rhodes Island, uma empresa farmacêutica que pesquisa a cura para a Oripatia, pega em armas e inicia uma conquista tentando salvar todas as pessoas da doença.
