O Sistema Kizuna é um sistema incompleto para a implementação da paz mundial que conecta pessoas através das dores. Todos que foram conectados a esse sistema são chamados de Kiznaivers. Certo dia, Sonosaki Noriko diz a seu colega de classe Agata Katsuhira que ele havia sido selecionado para ser um Kiznaiver. O Sistema Kizuna permite que Katsuhira compartilhe seus ferimentos e se conecte aos colegas de classe cujas vidas e personalidades são totalmente diferentes da dele. A Cidade de Sugomori foi construída em terreno recuperado, mas com o passar dos anos, a população da cidade está caindo. A história se passa nesta cidade, onde Katsuhira e seus amigos vivem.
Em Tokyo, um campo impenetrável conhecido como "Portão do Inferno" apareceu 10 anos atrás. Ao mesmo tempo, psiquicos manejando poderes paranormais à beira das suas consciências também emergiram. Hei é um dos mais fortes dentre os agentes psiquicos, e com sua associada cega, Yin, trabalha para uma das grandes agencias rivais que querem descobrir os mistérios do Portão do Inferno.
O Instituto de Pesquisa Psíquica Shibuya é um escritório dirigido por Naru e estuda casos paranormais. Seu trabalho é investigar, cientifica e minuciosamente, fenômenos psíquicos a pedido de clientes. Um dia, Mai, aluna do ensino médio, causa um acidente e Lin, assistente de Naru, se machuca. A partir daí, Mai começa a trabalhar no escritório como a nova assistente de Naru; apesar de não se entender nem um pouco com ele. Fantasmas, espíritos, maldições e exorcismos em massa… Nesse misto autêntico de horror e mistério, os membros do Instituto e seus mais novos ajudantes: a sacerdotisa Ayako, a médium Masako, o padre John Brown e o monge Houshou, irão resolver inúmeros casos incrivelmente bizarros com muita reza e bom humor.
Uma órfã psíquica é acolhida pelo poderoso clã Taira. Infelizmente, ela prevê um futuro cheio de violência e guerra civil.
