Brandon Heat e Harry MacDowell são dois punks de rua, trabalham num restaurante e são membros de uma pequena gangue. Porém quando cruzam o caminho com o homem errado, acabam tornando-se os únicos membros sobreviventes. Atraído pelo poder, Harry MacDowell tenta entrar na Millenion, um poderoso sindicato do crime que enfatiza a lealdade entre seus membros e o avanço através do Rank. Brandon também entra para o sindicato visando apenas proteger Harry, seu grande amigo e Maria, seu único e verdadeiro amor.
O mundo perfeito é algo desejado por todos, e no ano de 2013, a cidade chamada de No. 6 parece ter finalmente este desejo. Em meio a essa cidade conhecemos o jovem rapaz chamado Shin, uma criança rodeada da mais fina criação desde os seus 2 anos de idade. Porém, seu mundo parece desabar quando ele ajuda outro garoto chamado Nezumi, que fugia de uma clínica de reabilitação misteriosa do governo. Shin acaba sendo expulso por colaborar com o estranho jovem e conhece outros lugares de No. 6 com uma realidade bem diferente da que ele conhece. Quatro anos depois, os jovens se unem e começam a investigar diversas conspirações que cercam a cidade perfeita, mas tudo com um grande problema: Shin é acusado de um assassinato, e agora terá que provar a sua própria inocência em meio à corrupção.
A história começa por Yato, um Deus menor cujo sonho é ter milhões de seguidores. Infelizmente, seu sonho está longe de se tornar realidade, visto que sequer tem um santuário dedicado ao seu nome e se encontra sem nenhum Instrumento Divino, depois que seu último se demitiu, após 3 meses de parceria. Neste cenário, Yato se depara com Hiyori, uma garota que secretamente é fã de artes marciais. Em seu primeiro encontro com ela, Yato é salvo quando Hiyori o impede de ser atropelado por um ônibus, mas ela é atingida em seu lugar. A partir desse momento, Hiyori se encontra entre dois mundos. O que acontecerá?
Hatori Chise tem apenas 16 anos, mas perdeu muito mais do que a maioria. Sem família nem esperança, parece que todas as portas estão fechadas para ela. Mas, um encontro casual começou a mover as rodas enferrujadas do destino. Em sua hora mais escura, um misterioso mago aparece diante de Chitose, oferecendo uma chance que ela não poderia recusar. Este mago que parece mais um demônio do que um humano, vai lhe trazer a luz que ela procura desesperadamente, ou afogá-la em sombras cada vez mais profundas?
O Instituto de Pesquisa Psíquica Shibuya é um escritório dirigido por Naru e estuda casos paranormais. Seu trabalho é investigar, cientifica e minuciosamente, fenômenos psíquicos a pedido de clientes. Um dia, Mai, aluna do ensino médio, causa um acidente e Lin, assistente de Naru, se machuca. A partir daí, Mai começa a trabalhar no escritório como a nova assistente de Naru; apesar de não se entender nem um pouco com ele. Fantasmas, espíritos, maldições e exorcismos em massa… Nesse misto autêntico de horror e mistério, os membros do Instituto e seus mais novos ajudantes: a sacerdotisa Ayako, a médium Masako, o padre John Brown e o monge Houshou, irão resolver inúmeros casos incrivelmente bizarros com muita reza e bom humor.
Diclonius, a nova evolução humana... mutantes, ditos, escolhidos por Deus para serem os aniquiladores da humanidade. Possuem dois chifres em suas cabeças e uma estranha habilidade similar a telecinese sob forma de braços. Extremamente perigosos e cientes de sua "missão", foram subjugados pelo governo que os mantém confinados em laboratórios. Lucy é uma Diclonios cuja jovem e bela aparência escondem uma personalidade psicótica e ela, após matar dezenas de guardas, escapa de seu confinamento, porém é alvejada por um tiro na cabeça e cai no mar... Ela é encontrada por Kouta e Yuka na praia, mas com uma personalidade totalmente diferente, infantil e inocente, sem memórias e a única coisa que fala é nyuu. Os dois levam-na para casa e decidem cuidar dela, batizando-a de Nyuu. Entretanto, parece que a Lucy ainda não está morta e nem se esqueceu de seu passado.
O protagonista é um rapaz chamado Okumura Rin, que tem dentro dele o sangue de um demônio. Um dia, surge repentinamente na sua frente o demônio Satan que diz ser seu pai e planeja levá-lo até o mundo dele. Nesse instante, o pai adotivo de Rin, que é um famoso exorcista, arrisca sua vida para salvá-lo e acaba morrendo. Culpando sua própria fraqueza, Rin, decide entrar para o colégio dos cavaleiros templários e agora está determinado a se tornar um exorcista.
Certo dia, Takamiya Naho recebe uma carta escrita por ela mesma dez anos no futuro. A carta narra exatamente os eventos daquele dia, incluindo a transferência de um novo aluno para a turma dela chamado Naruse Kakeru. A Naho do futuro diz repetidamente que ela tem vários arrependimentos e quer consertar eles garantindo que Naho do passado tome as decisões certas, especialmente sobre Kakeru. O mais chocante é que ela descobre que daqui dez anos Kakeru não estará mais entre eles. A Naho do futuro pede que ela cuide dele com atenção.
A 26 anos atrás, em uma classe do terceiro colegial, uma estudante chamada Misaki, era a mais popular e adorada do colégio, por causa de sua beleza e sua qualidade nos esportes. Porém, um dia, Misaki acaba por vir a falecer e como homenagem, seus amigos decidem “fingir” que ela está viva com eles até o dia da formatura. Anos depois, em uma primavera de 1998, um garoto chamado Sakakibara Kouichi, se muda para a cidade e começa a estudar na mesma escola do ocorrido. Lá ele encontra todos os alunos rodeados por uma estranha atmosfera, principalmente uma bela estudante chamada Mei Misaki. O que Kouichi não esperava é que a Misaki, de sua sala, tivesse mais relações do que o esperado com a história do passado do colégio.
Eles chegam em silêncio na escuridão. Eles descem do céu. Eles têm fome por carne humana. Eles estão por toda parte. Eles são parasitas, criaturas estranhas, que vêm invadir e tomar o controle por um hospedeiro humano para sobreviver. E…
A história acompanha Mirai, um jovem sombrio que está passando pela formatura e chegada da vida adulta. Certo dia ele é surpreendido com a inesperada aparição de um anjo, que diz que ele deve enfrentar outros 12 humanos escolhidos, afim de decidir quem será o próximo Deus do mundo.
A história acompanha o atual Duque da Morte, responsável por tomar a vida de tudo aquilo que toca. Ao seu lado está sua sempre fiel empregada, Alice. Juntos os dois passam o dia aproveitando os pequenos momento da vida na companhia um do outro.
