Tanto este filme, como o anterior (Morte e Renascimento), caracterizam o "final alternativo" de Neon Genesis Evangelion. Por ser um final alternativo, os episódios 25 e 26 da série original são desconsiderados. "O Fim de Evangelion", assim como "Morte e Renascimento", é divido em duas partes: A primeira é a repetição de "Renascimento" com mais cenas e renomeado para "Air" (chamado também de "Episódio 25"). A segunda parte é chamada de "Heart" (ou "Episódio 26"). O filme mostra o verdadeiro final da série. Todos os acontecimentos de Neon Genesis Evangelion culminaram para esse ponto. O Terceiro Impacto começa e cabe a Shinji Ikari decidir o futuro da humanidade. Sem deixar os momentos de ação e de filosofia de lado (e também muitas indagações), "O Fim de Evangelion" é um final merecido para série.
Spike Spiegel, um rapaz com o passado misterioso e Jet Black, um ex-policial, se unem para ir atrás de criminosos que possuem a cabeça a prêmio, dentro da nave “Bebop”. Ao longo do caminho eles se encontram com personagens nada comuns, um cão muito raro que possui grande inteligência, Ein, a gananciosa e fatal Feye Valentine e muitos outros.
Um dia, ele encontra um diário em um hospital. O diário pertence a sua colega de classe, uma garota chamada Yamauchi Sakura, que se revela estar sofrendo de uma doença terminal em seu pâncreas e que tem apenas alguns meses de vida. Sakura explica a ele que é a única pessoa fora de sua família que sabe sobre sua condição. Ele promete manter o segredo de Sakura e, apesar de suas personalidades completamente opostas, ele decide estar junto com Sakura durante seus últimos meses.
Um garoto solitário encontra um lobo enquanto vaga pelas regiões Árticas da América do Norte. Rapidamente os dois se tornam amigos, dependendo um do outro para sobreviver no ambiente de clima extremo. Mas as coisas não são apenas o que os olhos veem, pois o garoto tem um passado, assim como seu novo companheiro…
Um garoto solitário encontra um lobo enquanto vaga pelas regiões Árticas da América do Norte. Rapidamente os dois se tornam amigos, dependendo um do outro para sobreviver no ambiente de clima extremo. Mas as coisas não são apenas o que os olhos veem, pois o garoto tem um passado, assim como seu novo companheiro...
